直属税务分局内设科室9个，分别是综合科、计划征收科、税政管理科、税源管理一科、税源管理二科、税源管理三科、税源管理四科、税源管理五科、办税服务厅（车辆购置税）。

     综合科：负责处理直属税务分局日常政务和行政事务，起草和审核有关文件和报告；负责各类会议的组织、记录工作；负责文件和材料的收发、编号、登记、归档工作；负责政务调研、政务信息和部门协调工作；负责编发信息和税收宣传报道工作；负责办公用品、车辆、通讯工具等财产的管理；负责工资、福利等发放工作；贯彻执行人事管理制度，制定完善分局人事管理办法；负责分局人员考核、任免、奖惩、调配、辞职、辞退工作；负责分局人员的转正定级、工资调整、晋级以及工资基金管理；负责制定分局公务员各类培训、教育计划和相关办法，并做好组织实施工作；负责本分局人员的考勤工作管理；负责分局的思想政治和精神文明建设工作，组织协调分局行风和机关效能建设工作；负责开展分局党风廉政建设与反腐败工作；负责分局行政监察工作，实施税收执法权和行政管理权的监督制约工作；负责受理对分局各科室和工作人员违法违纪的举报、来信来访工作；负责有关人事、教育方面的资料收集、分类、整理、传递或保管工作；完成领导交办的其它事项。

计划征收科：按照“一窗式”管理的要求设置窗口并开展工作；负责市属企业开业登记、变更登记、税务登记证的验证、换证工作。负责市属企业发票的验旧、销售、增值税专用发票代开工作；负责纳税申报和税款征收工作；负责增值税防伪税控报税、认证工作以及增值税防伪税控IC卡发行、发售工作；负责逾期申报受理与处理、逾期税款收缴与处理；负责税收计划、会计、统计管理以及税收分析工作；负责窗口咨询等所有涉税事项的受理和即时办结事项的办理工作；负责所管征企业及机构调整前的岛内税收征管档案的日常借(调)阅和管理工作；负责本系统税务登记、发票、税收票证库房管理的具体事务性工作；负责厦门国税系统的发票及票证管理工作。具体包括发票、票证的计划、印制、监督等管理工作；完成领导交办的其它事项。

税政管理科：负责市属企业的流转税、所得税、管征政策的税收管理、调查研究、咨询服务；负责市属企业出口货物退免税管理；负责组织市属企业进行年度所得税汇算清缴和增值税清算；负责市属企业政策性减免、抵缓退税管理及日常管理的审核；负责市属企业纳税信用等级管理；负责市属企业纳税评估(审核评税)工作；负责本局相关业务文书资料的管理；负责市属企业增值税资料普查；负责金税协查系统管理；领导交办的其它事项。

税源管理一科： 负责管户的一般纳税人资格认定、年审及取消资格的清算； 负责所属企业的注销工作；负责管户各类税务资格认定及涉税证明管理； 负责催报催缴工作；负责发票审批管理以及发票稽核、发票缴销、核销管理。负责出口货源调查、所得税汇算、增值税结算、金税协查等常规税收检查；负责所得税税前审批项目的受理与调查；具体负责分管地区车辆生产厂家所生产的车辆价格信息的采集工作；负责管征范围内的其他税收征收管理职能；领导交办的其它事项。

税源管理二科：负责所管征企业的一般纳税人资格认定、年审及取消资格的清算；负责所属企业的注销工作；负责所管征企业各类税务资格认定及涉税证明管理；负责催报催缴工作；负责发票审批管理以及发票稽核、发票缴销、核销管理；负责出口货源调查、所得税汇算、增值税结算、金税协查等常规税收检查；负责所得税税前审批项目的受理与调查；负责管征范围内的其他税收征收管理职能；领导交办的其它事项。

税源管理三科：受理外贸企业出口退（免）税资格认定、电子口岸IC卡审批、各种涉税证明的办理、退税帐户变更等各类税务请求；受理外贸企业出口退税单证的备案、申报并进行预审；负责外贸企业及本局管辖的生产企业出口税收收入退还书、收回已退税款缴款书的开具、核对工作；负责各种退税业务档案资料的管理；承办上级交办的其他工作，协助其他科室工作。

税源管理四科：负责对预审通过的退税单证进行人工复审、机审；负责对外贸出口企业的退税情况进行退税评估；负责对审核、评估过程中发现的疑点进行函调；负责对外贸企业出口退税情况的日常检查、核实工作；负责对外贸出口企业新户转型的核实及注销户的清理；协助、配合有关部门对涉及出口退税案件的查处；承办上级交办的其他工作，协助其他科室工作。

税源管理五科：负责厦门国税系统“12366”电话纳税咨询服务工作。主要包括对纳税人提出的税收政策、税收法律法规、办税实务操作以及涉税会计处理等方面疑难问题的解答；负责厦门国税网站系统中的纳税咨询服务工作；配合相关部门做好税法宣传和纳税辅导工作；领导交办的其它事项。

办税服务厅（车辆购置税）：严格执行《中华人民共和国税收征收管理法》、《中华人民共和国车辆购置税暂行条例》及国家税务总局有关车辆购置税征收管理的方针、政策；负责全市汽车及除同安、翔安二区以外的摩托车、挂车、农用运输车的车辆购置税征收管理工作。包括：新车征税、免税，车辆征税档案管理，旧车的变更、过户、转籍、补证、换证、补税、退税及对国家税务总局尚未核定最低计税价格的车辆确定最低计税价格等工作；负责本办车辆购置税征税会统及税款解缴入库工作；负责本办车辆购置税完税证明、缴税凭证、退税凭证的申领、保管、使用、核销工作；负责本办使用的设备保管及征税软件的日常维护工作；上级交办的其它工作。